Eine Qualifizierte Signatur bezeichnet man häufig auch als Qualifizierte Elektronische Signatur oder kurz als QES. Die Qualifizierte Signatur ist eine sogenannte fortgeschrittene elektronische Signatur, welche dem deutschen Signaturgesetz entspricht. Dieses verlangt, dass sie auf einem qualifizierten Zertifikat beruht – also auf einem Zertifikat, welches gültig war, als die Signatur erstellt wurde – und dass die Qualifizierte Signatur mit einer Signaturerstellungseinheit erstellt wurde, kurz auch SSEE genannt. Eine Qualifizierte Signatur erkennt man daran, dass sie mit zwei asymmetrischen Schlüsseln arbeitet und dadurch eindeutig identifizierbar ist. So hat man also zum Einen den Signaturschlüssel, der auf einem geheimen und asymmetrischen Verschlüsselungsverfahren beruht und zum anderen einen singulären passenden öffentlichen Signaturprüfschlüssel. Eine Qualifizierte Signatur kann man nur dann erhalten, wenn beide Schlüssel mit dem ZDA – dem Zertifikat des Zertifizierungsdienstanbieters – ausgestattet sind. Das ZDA ist die elektronische Bescheinigung für eine rechtskräftige Qualifizierte Signatur, bei der beide Schlüssel einer Person zugeordnet worden sind.
Der Zertifizierungsdienstanbieter muss bei der Bundesnetzagentur angemeldet sein, um eine Qualifizierte Signatur verifizieren zu dürfen. Sobald diese Anmeldung erfolgt ist, darf er Zertifikate für die Qualifizierte Signatur ausstellen und alle Dokumente, die mit dieser versehen werden, sind dann rechtsverbindlich. Diese Regelungen sind notwendig, damit die Identität des Zertifikatinhabers sichergestellt werden kann. Ist diese gewährleistet, können die Zertifikate für die Qualifizierte Signatur sicher aufbewahrt und zur Verfügung gestellt werden. Eine ZDA kann auch nicht einfach so beantragt werden, sondern jeder Antragsteller wird genauestens überprüft, um einen Missbrauch zu verhindern. Eine Möglichkeit für die Sicherstellung der Identität eines Antragstellers ist zum Beispiel Postident. Wer ein Zertifikat für eine Qualifizierte Signatur beantragt, muss bei einer Postdienststelle seinen Personalausweis vorzeigen, um seine Identität zu beweisen. Dieses Verfahren stellt sicher, dass eine Qualifizierte Signatur für die ein Zertifikat vergeben wurde, auch wirklich von dem Antragsteller genutzt wird. Das macht die Qualifizierte Signatur zu einer sehr sicheren und zuverlässigen Methode.