Die Ausgrabungen von Alt-Thera auf der Insel Santorin befinden sich auf dem Gipfel des 360 Meter hohen Mesa Vouno. Die nach Theras, einer Figur der griechischen Mythologie, benannte Siedlung war zwischen dem 9. Jahrhundert v. Chr. und dem achten Jahrhundert unserer Zeit nachweislich bewohnt.
Der deutsche Archäologe Friedrich Hiller von Gaertingen begann Ende des 19. Jahrhunderts mit der Erforschung des Areals. Die Ausgrabungen wurden 1904 abgeschlossen. Mitte der 1990er Jahre konnten die auf Initiative der Freien Universität Berlin durchgeführten Ausgrabungsarbeiten das Bild Alt-Theras komplettieren. Die Arbeiten wurden unter Federführung von Bauforscher Wolfram Hoepfner durchgeführt.
Die Kalksteinbauten Alt-Theras gruppieren sich entlang einer 800 Meter langen Straßenzuges, welcher eine Breite von bis zu vier Metern erreicht, was zu damaliger Zeit als außergewöhnlich galt. Eine schmalere Straße zweigt zur am Hang erbauten Kommandantur ab. Die Wohnbauten Alt-Theras befinden sich auf einem Felsplateau nahe der Agora. Vis a Vis wurde das Theater der Stadt in den Hang gebaut. An der Ostspitze des Plateaus konzentrierten sich die öffentlichen Einrichtungen und der dem Meer zugewandte Tempelbezirk. Unterhalb der Wohnbauten und öffentlichen Einrichtungen befindet sich eine Nekropole. Die historische Begräbnisstätte wurde während der gesamten Besiedlungszeit Alt-Theras genutzt. Erwiesen ist, dass auch eine großzügige Hafenanlage zur Stadt gehörte, deren Lage konnte jedoch noch nicht exakt lokalisiert werden.
Zu den beeindruckenden Bauten Alt-Theras zählt die Basilika Stoa, eine 46 Meter lange Säulenhalle, welche im ersten Jahrhundert umgebaut und durch Statuen der Kaiserfamilie ergänzt wurde. Das im zweiten Jahrhundert errichtete Theater bot 1 500 Zuschauern Platz. Es wird vermutet, dass auch Einwohner der benachbarten Inseln die Aufführungen des Theaters in Alt-Thera besuchten. Die zentralen Bauten des Tempelbezirkes sind Heiligtümer von Herakles und Hermes, sowie ein Felsenheiligtum der ägyptischen Götter. Auf dem Ausgrabungsgelände konnte auch eine für sportliche Übungen genutzte Trainingsstätte freigelegt werden. Die Anlage wurde zu römischer Zeit um Thermen erweitert. Die Wohnbauten Alt-Theras verfügten über bis zu zwei Stockwerke und waren teilweise unterkellert.
Im Tempelbezirk konnten kunsthistorisch bedeutsame Inschriften freigelegt werden, welche zu den ältesten bisher aufgefundenen Schriften des griechischen Alphabets zählen. Beachtung verdienen auch die getöpferten Grabbeigaben aus dem 7. Jahrhundert. Zu den bekanntesten in Alt-Thera geborgenen Kunstwerken zählen Statuen von Knaben, welche ebenfalls in den Gräberfeldern gefunden wurden. Die künstlerischen Arbeiten Alt-Theras sind in Form und Ausführung an die von der Insel Naxos überlieferte Kultur angelehnt.

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